Al construirse mayoritariamente las flautas en madera, surge la necesidad de proporcionar un cuidado y mantenimiento adecuado. La madera es un material vivo, y reacciona a la humedad hinchándose, también los cambios de temperatura en general también afectan. Por eso una flauta nunca debe exponerse al calor ni al frío intensos. Sobre todo el calor fuerte puede dañar irremediablemente el instrumento. De manera que en verano, por ejemplo, no se debería dejar en el coche si está aparcado al aire libre. Contra la acumulación de calor, que por ejemplo puede ser molesto en una fría iglesia en invierno (gotitas de agua por la condensación en la zona de la boquilla), puede ayudar el calentar el instrumento previamente (por ejemplo entre las mangas de la camisa).
La boquilla es, como su nombre indica, la parte en contacto con los labios del flautista. Por motivos de higiene, también en las flautas de plástico que no precisan de otro tipo de cuidados, se debería secar la boquilla con un paño seco siempre después de tocar. No podemos dejar de advertir que el uso de productos de limpieza o de desinfección agresivos puede conllevar con facilidad daño en el material de la flauta.
El canal de aire o alma, debido a que tiene que distribuir el aire directamente desde los labios, debe estar libre de cualquier suciedad. En caso necesario puede limpiarse con una tira de papel.La ventana es la parte más sensible de la flauta de pico. Su afilado bisel no debe ser dañado en ningún caso, porque si esto ocurre la calidad de sonido se verá afectada permanentemente.
Un calentamiento, en cierta medida y especialmente tras largo rato tocando, no es nada raro, y además depende también de la forma de tocar del flautista, como también de la temperatura y la humedad del aire en la sala. Y la sensibilidad al clima de cualquier instrumento tampoco es rara. Tampoco hay que subestimar la formación de condensación de agua producida por el calor del aliento del músico.
La pared interior del cuerpo de la la flauta tiene una gran influencia en el sonido del instrumento, porque la acumulación de fibra o polvo puede tener un efecto adverso en el sonido. También por eso siempre después de tocar se debe limpiar la flauta. Para ello se puede usar una varilla con un gancho para un paño, esto suele funcionar mejor que las varillas de limpieza comunes para flauta que hay en el mercado.
El cuerpo de una flauta de madera debe ser protegido contra el polvo la condensación de humedad, el aliento y cualquier tipo de suciedad. Por medio del enaceitado se consigue mantener por más tiempo la entera cualidad de sonido y de respuesta de la flauta. De otra forma envejece más pronto la madera y varía su masa al hincharse o resecarse. El enaceitado debería aplicarse con regularidad unas 3 o 4 veces al año aproximadamente, o al menos cuando la madera comienza ha tornarse gris. Este aceite especial se encuentra fácilmente en los comercios musicales o en talleres de construcción de instrumentos. Lo más recomendable es usar aceites vegetales naturales como por ejemplo aceite de linaza, de almendra dulce o Tung Oil. El bloque y el canal de viento no debe enaceitarse en ningún caso, porque en las superficies grasientas se acumulara agua de condensación que estropeará el sonido (afonía). El taladro y los orificios tonales deberían enaceitarse regularmente si no han sido lacados por el fabricante. La mecánica de las llaves debe, por el contrario, tratarse con un aceite mineral, porque no se reseca tan rápido.
Los cierres de las espigas normalmente poseen un corcho, que si es preciso se puede enaceitar. Este aceite normalmente se incluye con la compra del instrumento.
Por último simplemente advertir de que las reparaciones, a excepción del cambio de los corchos, se deben realizar exclusivamente en un taller especialista.